Lollipop(Android 5.0)が頻繁にバージョンアップしている事も有り、先に進む気にもなれず、結局「Factory Images」焼いて完全初期化しちゃいました。
当然カスタムリカバリ(TWRP)も綺麗に初期化されます。
大まかな流れは下記の通りです。（PCに「Android SDK」がインストールされている事が前提）
１．「Factory Images」をダウンロードしてPCに保存します。
２．ダウンロードした「.tgz」を解凍
パスを通すため「Android SDK」のフォルダ上位に解凍フォルダを置く
※「Android SDK」は最新に更新しておいた方が無難との事
３．PCとnexus5を繋ぎnexus5を立ち上げた状態からPCのDOS窓を立ち上げ「adb reboot bootloader」と打つとnexus5がBootloader画面に切り替わります。
※Bootloaderがlockされていたら「fastboot oem unlock」と打ちUnlockさせましょう。
※DOS窓の開き方
ファイルエクスプローラで「\android-sdk-windows\platform-tools」を開き[shift]+[右クリック]で[コマンドウィンドウをここで開く]を選択
これを行うとこのフォルダまでパスを通す事が出来ます。
４．先ほど解凍したフォルダ内に「flash-all.bat」があるので実行する。
成功すれば新しいバージョンで起動します。
参考先：
http://andmem.blogspot.jp/2012/11/factory-image.html
単に焼いただけではunlockのままです。完全に元に戻すならlockした方が良いです。
私はパスが通らずエラーで少し手こずったけど、そんなに難しい作業では有りませんでした。
復帰作業は
・データ丸ごと復活させたいものは「Helium」
・アプリのバージョンが重要で中身を気にしないものは「ESファイルエクスプローラ」
でバックアップしたものを復活
＃記憶が定かでは無いのですが、アプリで充電中LEDを点灯していたつもりでしたが、点滅しかしません。記憶違いだったのかな・・・・？